Santo Franciscus Xaverius merupakan gereja tertua di Yogyakarta. Secara resmi penggunaan gereja, yang juga dikenal dengan sebutan Gereja Kidul Loji, ini dilaksanakan pada tanggal 7 Juni 1871.

Disebut juga Gereja Kidul Loji karena posisinya berada di sisi selatan kompleks loji atau bangunan/gedung milik Belanda. Sebelum Gereja Santo Fransiscus Xaverius Kidul Loji dibangun, Pater YB Palinckx, SJ lebih dulu membangun pastoran. Nama Santo Fransiscus Xaverius digunakan untuk nama gereja ini dengan alasan untuk mengenang pembaptisan pertama yang dilakukan di tempat ini yang terjadi pada tanggal 3 Desember 1812, yang bertepatan pada Hari Peringatan St Franciscus Xaverius.

Pada masa awal gereja ini lebih sering digunakan oleh orang-orang Belanda sekalipun sebenarnya terbuka untuk seluruh umat. Sampai pada kedatangan Jepang, Gereja Kidol Loji masih digunakan oleh orang-orang Belanda. Seiring dengan pendudukan Jepang, Gereja Kidul Loji yang dulunya digunakan oleh orang-orang Belanda itu menjadi sepi. Gereja ini akhirnya menjadi gereja kedua setelah Gereja Santo Yusup Bintaran dan masuk dalam wilayah Paroki Bintaran. Akan tetapi pada tahun 1968 Gereja Santo Fransiscus Xaverius kembali menjadi paroki.