Gereja Katolik Santo Antonius atau lebih dikenal dengan nama Gereja Katolik Kotabaru diresmikan pada 26 September 1926 oleh Mgr. A. van Velsen, SJ. Awal mula Gereja ini merupakan bagian dari Komunitas Kolese Ignatius (Kolsani) dengan Rektor Kolsani merangkap sebagai Pastor Kepala.

Gereja ini menjadi paroki mandiri pada 1 Januari 1934. Pada era pendudukan Jepang, Gereja berubah fungsi menjadi gudang senjata oleh pemerintah Jepang dan peribadatan dipindahkan ke rumah joglo didaerah Kumetiran yang kemudian menjadi cikal bakal Gereja Kumetiran.

Pada tahun 1967 Kolsani menyerahkan Gereja kepada paroki, tetapi pemisahan sepenuhnya baru terjadi pada awal tahun 1975 pada saat Gereja Kotabaru di bawah penggembalaan Romo Contanstinus Harsosuwito, SJ. Pada tahun 1990 – 1995 di masa penggembalaan Romo Gundhart Gunarto, SJ, Gereja Kotabaru menampilkan budaya Indonesia melalui lukisan-lukisan di dinding bangunan utama Gereja. Lukisan di dinding Gereja terinspirasi dari kisah Injil. Sejak tahun 2014 bangunan Gereja Kotabaru dijadikan bangunan cagar budaya.