Sebelum diberi nama Stasi Santo Paulus Pringgolayan di tahun 1974, umat katolik di wilayah ini bergabung pada Kring Kotagede Raya, yang wilayahnya memanjang mulai Giwangan, Tegalgendu, Kotagede, Gedongkuning, Sekarsuli, Gamelan, Ngipik dan Mantup, serta masih menginduk pada beberapa paroki. Pada tanggal 25 Januari 1986, yang juga dirayakan oleh Gereja sebagai Hari peringatan pertobatan Santo Paulus, dijadikan sebagai tonggak sejarah diresmikannya bangunan Gereja. Peresmian tersebut dilakukan dengan penandatanganan prasasti sinengkalan “Rasa Angesti Luhuring Widi” (1986) oleh Bupati Kabupaten Bantul, Bapak Murwanto Suprapto bersama Bapak Uskup Agung Semarang, Mgr. Yulius Riyadi Darmaatmaja, SJ.

Pada tanggal 15 Agustus 2011 Stasi Santo Paulus Pringgolayan memperoleh peningkatan status menjadi Paroki Administratif. Visi Gereja yang dirumuskan adalah sebagai berikut: “Umat Allah Paroki Santo Paulus Pringgolayan yang hidup di tengah pluralitas masyarakat, sebagai persekutuan paguyuban murid-murid Kristus menjadi pembawa keselamatan dan saudara bagi sesama”. Tanggal 25 Januari 2018, terjadi peristiwa penting bagi Gereja Santo Paulus Pringgolayan, yaitu perubahan status dari Paroki Administratif menjadi Paroki Mandiri. Perubahan tersebut didasarkan pada Surat Keputusan pendirian Paroki Nomor: 0013/B/I/6-91/18 dari Bapa Uskup Mgr. Robertus Rubiyatmoko, tertanggal 4 Januari 2018.