Merupakan anak dari Paroki Marganingsih Kalasan setelah menunggu 49 tahun. Benih iman Katolik di wilayah Babadan dimulai pada 1928 dengan didirikannya lembaga pendidikan Volk School di Desa Babadan.
Pada tanggal 8 Desember 1933 Bapak Yohanes Fransiskus Regis Kartowardoyo (Pak Karto) dari Dusun Pajangan dan beberapa kawannya menerima Sakramen Permandian. Setelah memperdalam pengetahuan agama di Gereja Santo Antonius Kotabaru. Pada tanggal 20 November 1959, Bapak Lurah Pawirogeno (Pokoh) bermurah hati memberikan bantuan tanah seluas 3920 meter persegi dengan letter C no. 03 persil no. 65 D di Dusun Dolo yang menjadi lokasi gereja saat ini. Tanah ini diterima Keuskupan yang diwakili Bapak Yohanes Rasul Suwondo selaku PGPM Gereja Marganingsih Kalasan.
Sejak tahun 1960 gereja mulai dibangun yang pelaksanaannya ditangani langsung oleh Keuskupan. Tanggal 15 Agustus 1962 gereja diberkati oleh Romo Yustinus Darmoyuwono, Pr. yang menjabat sebagai Vikjen Keuskupan Agung Semarang.
Nama Santo Petrus dan Paulus dipilih sebagai pelindung gereja karena keteladanan kedua rasul tersebut sebagai peletak dasar iman Katolik. Pada 1 Agustus 2009, Keuskupan Agung Semarang mengutus Romo Robertus Triwidodo, Pr. untuk berdomisili di Pastoran Gereja Santo Petrus dan Paulus Babadan, sebagai Kuasi Paroki di bawah Paroki Induk Marganingsih Kalasan. Pada tanggal 29 Juni 2011, bertepatan dengan perayaan Pesta Nama Pelindung Gereja, Paroki Santo Petrus dan Paulus Babadan ditetapkan statusnya menjadi Paroki Mandiri oleh Mgr. Johannes Pujasumarta.
Lingkungan : 28 Wilayah : 6
